Muzej se nalazi u gradu Krapini, središtu Krapinsko-zagorske županije, udaljenom oko 50 km od Zagreba. Izgrađen je u blizini svjetski poznatog nalazišta krapinskih neandertalaca, uz Hušnjakovo brdo. Muzej krapinskih neandertalaca smješten je u novosagrađenom objektu između dva brdašca, Josipovca i Hušnjakovog. Ukupne je površine oko 1.200 m2, a nalazi se na dvije etaže koje su povezane spiralnom rampom. Muzej je šumskom šetnicom direktno povezan s nalazištem Hušnjakovo. Autori ovog najznačajnijeg muzejskog projekta milenija i njegove realizacije su arhitekt Željko Kovačić i paleontolog Jakov Radovčić.

Osobe s invaliditetom mogu doći osobnim automobilom do same muzejske zgrade. Priliko dolaska potrebno je nazvati br. 049 374951 kako bi se digla rampa koja se nalazi na prilaznom putu. Osobama s invaliditetom omogućeno je kretanje kroz muzej uz pratnju, dok korištenje planinarske šetnice do nalazišta nije moguće zbog osobitosti terena.