Novi Muzej krapinskih neandertalaca smješten je nedaleko svjetski poznatog nalazišta krapinskih neandertalaca „Hušnjakovo“ s kojim čini jedinstvenu cjelinu za obilazak. Arhitektura, evocira stanište pračovjeka – poluspilju, a njezin volumen, proporcije i pročelje proizišli su iz analize nekadašnjeg izgleda danas urušene krapinske poluspilje.

Cijela građevina utopljena je u okolni pejzaž između dva brežuljka, i jedino je vidljivo pročelje obloženo miocenskim žutim pijeskom.

Postojeći potok kanalom proveden ispod objekta, izvire ponovno ispred muzeja i posjetioci ga kod ulaska u Muzej prelaze. Žubor vode označava protok vremena, ali u sebi sadržava i svu simboliku prelaska preko rijeke, te kada njega prekoračimo počinjemo se vraćati u daleku prošlost. Na velikom staklenom pročelju Muzeja reflektira se okolnu šumu. Taj odraz dematerijalizira staklenu stijenu pa posjetioci poput Carolove Alise, prolazi kroz zrcalo i ulaze u jednu drukčiju zbilju.

Unutrašnjost izvedena u betonu, «umjetnom kamenu», pojačava simulaciju prapovijesnog staništa, u kojem posjetitelj, kao i svojedobno neandertalac, može promatrati vanjski okoliš.

Staklena stijena postaje ekran na kojemu se projicira film o svakodnevnici pračovjeka, a posjetioci gledajući iz pozadine pozadini postaju sve više sustanari krapinskih neandertalaca. Na samom početku, odmah, želi se uspostaviti što neposredniji kontakt posjetioca i teme.

Oko ulaznog hala obavile su se kroz dvije etaže izložbene dvorane, kao jedan back-stage labirint u kojemu se vremeplovom posjetitelju prezentira muzejska priča.

Mijenja se ritam, gustoća sadržaja, boje prostora, zvukovi, mirisi atmosfera. Organska forma arhitekture asocira na maternicu, embrio, zavojnice puža ili presliku ljudskog mozga, što i odgovara mjestu i značenju neandertalaca u razvoju ljudske vrste.