U sklopu međunarodne kulturne suradnje između Republike Hrvatske i Republike Slovenije, djelatnici Muzeja krapinskih neandertalaca posjetili su dana 13. i 14. lipnja 2016. godine Mestni muzej Idrije, te Cerkljanski muzej. Naše muzeje povezala je prošle godine manifestacija „Glas piščale“, a odnosi se na izvanredan arheološki nalaz frulice napravljene od kosti špiljskog medvjeda nađene na lokalitetu Divje Babe kraj Cerknog. Replika ove frulice nalazi se u stalnom postavu MKN.

Muzejska savjetnica mr.sc. Vlasta Krklec, kustos Eduard Vasiljević i kustos pripravnik Jurica Sabol, obišli su i Partizansku bolnicu Franja, koja je kao i MKN dobitnik prestižne Oznake europske baštine. Bolnica Franja postala je nakon drugog svjetskog rata simbolom razgranate i iznimno organizirane zdravstvene djelatnosti. Predstavlja dio zajedničkog nasljeđa europskih naroda, njihovih vrijednosti i svjetonazora. Svojim postojanjem i svjedočanstvom doprinosi jačanju kulture mira.

Stalni postav idrijskog muzeja smješten je u dvorcu starog grada Idrije, te predstavlja vrlo bogatu građu tehničke baštine i rudnika žive. Ulaz u rudnik Antonijev rov, jedan je od najbolje očuvanih ulaza u rudnik u Europi. Prikazani su svi načini rudarenja, od najstarijeg ručnog, do suvremenih metoda miniranjem te prijevoza rude vagonima.  Godine 2012. rudnik Idrija uvršten je na UNESCOV popis kulturne baštine. Muzej također čuva i prezentira poznatu Idrijsku čipku koja se na tim prostorima izrađuje gotovo tri stoljeća.

MKN s posjećenim slovenskim  muzejima svakako povezuje slična tematika, mogućnosti promocije fosilne i geološke građe, buduća razmjena izložbi i radionica, te povezivanje putem Oznake EU baštine.